این شهر در اوایل قرن دوازدهم هجری و حدود سال ۱۷۴۷ میلادی توسط پناه علی خان، جوانشیر دیوار کشی شده و به صورت مستحکمی درآمد. پناه خان به خاطر تن قوی صدا نخست، جارچی نادرشاه افشار بود. پناه خان پس ازقتل نادرشاه به قره باغ آمد و به تدریج قلعۀ پناه‌آباد مشهور به قلعۀ شوشا را بنا نهاد. پناه خان سپس مردم قریۀ شوشا را در داخل آن قلعه اسکان داد و سکه‌ای نقره ای نیز به نام پناه‌آباد ضرب کرد.
معمرین اهر هنوز "بیر پنابت ایکی پنابت " را به یاد دارند " صوبحدن ایندیه جن بیر پنابتین صاحبی اولمامیشام "
پنابت کوتاه شده پناه آباد یا همان شوشه است که سکه ضرب شده بود
"یوخاری مچید یا گوهرآقا مچیدی" مسجد گوهر آقا از نمونه‌های زیبای معماری شوشا از از آثاری است که به دست کربلایی صفی خان ( تولد ۱۷۸۸ اهر- وفات۱۹۱۰ شوشا) یکی از معماران چیره‌دست آذربایجانی بنا شده است نوسازی امامزاده بردع (۱۸۶۸)، ساخت مسجد آغ‌دام(۱۸۷۰)، نیز از آثار اوست.
🔹پس از پناه خان فرزندش ابراهیم خلیل خان، خان منطقه وسیع و آباد قره باغ شده، در استحکام قلعه شوشا و آبادانی اطراف آن کوشش کرد. در زمان وی فرهنگ و ادبیات تُرکی آذربایجانی در منطقه رشد فراوانی داشت. شاعر نامدار آذربایجان ملاپناه واقف در دربار وی بود.
🔹بناهای برجامانده از ابراهیم خلیل خان جوانشیر در قره‌باغ به این ترتیب هستند:
الف) مسجد جامع که در سال ۱۱۸۲ ق ساخته شد و سپس به دستور دخترش گوهرآغا مرمت گردید.
ب) دیوار قلعه شوشا که در سال ۱۱۹۸ ق در عرض سه سال ساخته شد.
استحکام دیوارهای شوشا به قدری بود که آغامحمدخان قاجار علیرغم داشتن سربازان چند ده هزار نفری به دفعات نتوانست این شهر را تصرف کند.
بار آخر که آغا محمدخان قاجار برای تسخیر قلعه اردو زد قحط سالی عظیم عرضه را بر ساکنین قلعه تنگ کرده بود و قلعه بدون مقاومت به تصرف سنگدل ترین پادشاه ایران درآمد اما جان او هم در این قلعه درآمد در زمان فتحعلیشاه این شهر روسها درآمد
با تصرف شوشا مهدی قلی خان، آخرین خان قره باغ، به تبریز عقب نشینی کرد و شمال ارس کلا به تصرف روسها درآمد.
احتمالا در همین زمان عده ای از اهالی شوشه به محلی در مسیر اهر ورگهان آمده و روستای شوشه یا شیشه را بنیان نهادند خانواده های جوانشیر اهر نیز از نسل پناه خان هستند
با استقلال آذربایجان از اتحاد جماهیر شوروی، شهر شوشا در اردیبهشت ۱۳۷۱ به اشغال ارمنستان درآمد و بقیه اهالی شهر هم برای حفظ جان به نواحی داخلی آذربایجان کوچ کردند.
شوشه و مشابهت آن به شیشه باعث شده که در مکاتبات شیشه ثبت شود حال آن که به نظر من این کلمه با شوش و شوشتر مرتبط است
نوشته مرحوم استاد اصغر محمودآبادی